L'1 maggio 1551 a Trento ricomincia il Concilio e questa seconda fase termina il 28 aprile 1552. Papa Giulio III riconvoca i padri conciliari. Alla ripresa delle assemblee preparatorie, l’affluenza è tale da rendere necessario lo spostamento dei partecipanti nella basilica di Santa Maria Maggiore. In questi anni sono emanati i decreti sull’Eucarestia, sulla Penitenza e sull’Estrema Unzione; tuttavia, per la difficile situazione politica e militare in Europa, il Concilio viene nuovamente sospeso. Il Concilio viene indetto da parte cattolica in un momento estremamente delicato per l’Europa, scossa dalle istanze riformatrici di Lutero, al fine di tentare una riconciliazione religiosa, promuovendo la condanna degli errori nel campo della fede insieme alla riforma dei costumi del clero e della società in generale.